ネット上でこんな話が出ていたので、ちょっと確認してみました。
せっかくTFServiceのBuildサービスでWindowsストアアプリのビルドができるようになったので、ストアアプリのプロジェクト（WinStorApp01）を作成。
TFService上でチームプロジェクト(StoreAppTest1)を作成し、とりあえずチェックインします。
外部プログラム格納用フォルダとして「Utils」フォルダを作成し、引数に指定された文字列をファイルに出力するバッチファイル(TestWrite.bat)を追加します。
フォルダ構成はこんな感じ。
プロジェクトのビルド時に外部プログラムを実行する場合、一番簡単なのはプロジェクトのプロパティで、「ビルドイベント」に実行したいプログラムを指定しておくことです。
今回は、ビルド後に作成したバッチファイルを実行させてみます。
実際にビルドを実行すると、出力結果フォルダにファイルが作成され、「"The End!"」が出力されています。
※今回はビルド定義でステージング場所を「Drops」にしています。
ここで注意点が３つあります。
１つ目は、フォルダ構成の指定を勘違いしないことです。（自分がボケてただけですが）
編集画面でフォルダの位置などを「マクロ」で指定することができます。
ビルドサービスではどのフォルダで実行されるか不定ですので、相対パスで記述するためにマクロで記述するほうがいいのですが、自分が勘違いしていたのが「$(SolutionDir)」の扱いです。
「$(SolutionDir)」はVSのソリューションフォルダのことですが、TFSのチームプロジェクトフォルダは「$(SolutionDir)」の親になりますので、「StoreAppTest1\Utils」を参照するためには、「$(SolutionDir)Utils」ではなく「$(SolutionDir)..\Utils」（←「..\」を追加）と指定する必要があります。
チームプロジェクト内にVSのソリューションが１つだけなら、ソリューションフォルダ配下においてもいいのですが、チームプロジェクト内に複数のVSソリューションが存在する場合はソリューションごとに配置する必要が無いので、今回のようにチームプロジェクトフォルダ配下に置いたほうがいいかなと思います。
２つ目は「日本語が通らない」ことです。
引数の「"The End!"」を「"終わった"」と指定してみたのですが、出力結果が「"?????"」といった感じで化けてしまいました。
３つ目は、ビルド定義の作業フォルダに、「Utils」を追加するのを忘れないことです。
（自分は追加し忘れてて「パスが見つからない」と怒られました^ ^;）
インストーラーでインストールしなくても実行できるプログラムであれば、こんな感じで動かせるようになります。