1つ書き忘れてました(^-^;
分岐を使用した場合、TFSのビルド定義はそれぞれの分岐に対して別々に作成することになります。
（DEVELOPMENTブランチに対する修正なのに、MAINブランチに対するビルドの実行は無意味ですから）
でも、ビルド定義の中で、どの分岐に対して実行するかという定義はありません。
ではどうするかというと、ビルド定義の中の「ソース設定」で切り分けます。
（今回使用した環境がTFServiceだったので、「$/BranchTest/Drops」があります。ローカルのTFServerの場合にはありません）
デフォルトではTFSのチームプロジェクトのルートフォルダが登録されていると思いますが、それを分岐したブランチに変更します。
→分岐時に作成したワークスペースで指定したソース管理フォルダと同じになります。
（「$/BranchTest/Drops」は残ったままだとビルド実行時にエラーになりましたので削除しました）
また、「プロセス」でビルド対象とするブランチ内のソリューションファイルを指定します。
これで、それぞれの分岐に対するビルド定義が作成できます。
「MAINブランチは定時ビルドだけにして、DEVELOPMENTビルドはゲートチェックインと定時ビルドを組み合わせて行う」といったこともできます。
ここまで出来れば、安心して分岐が使えるのではないかと思います。