TFS管理コンソールからコントローラーを削除しようとしたとき、こんなエラーに出くわしました。
別の仮想マシンにエージェントだけ構築していたのを忘れて、その仮想マシンをサクッと消してしまったのですが^ ^;
こんなときは、TFSに格納されている管理情報を編集してしまいます。
※あくまで自己責任で。
TFSのDBサーバで作業をします。（または、TFSのDBサーバに接続できる環境で）
SQL Server Management Studioを起動し、TFSのDBに接続します。
データベースの中から、「Tfs_<コントローラーが接続しているコレクション名>」を探します。
（通常は「TfsDefaultCollection」）
エージェント情報が格納されているテーブルは「tbl_BuildAgent」になります。
まずは格納されているレコードを確認します。
「tbl_BuildAgent」を右クリックし「上位1000行の選択」を選択すると、登録されているエージェントの一覧が表示されます。
削除対象のエージェントは「DisplayName」に登録されている内容で大体察しがつくと思いますが、よくわからない場合は、削除対象のコントローラーの「ControllerId」を「tbl_BuildController」から確認します。
あとは、クエリーで次のSQLを実行してレコードを削除します。（もしくは「上位200行の編集」で直接削除）
DELETE FROM tbl_BuildAgent WHERE ControllerId=[削除対象のコントローラーID]
※別な理由で、ゾンビエージェントだけ削除するときには、AgentIdも条件に含めてください。