TFS2010のライセンス上、TFSだけで使用する場合に限り、SQL Server Standardが使用可能となっていましたが、出荷タイミングの問題で2008に限定され、2008R2は使用できませんでした。
（あくまでライセンス上の問題であり、使用上は問題ないようです）
しかし（というか、やっと）、ライセンス上でも2008R2が使用可能になったとbharryのブログに記事が掲載されました。
MSDN Subscribers can now upgrade their TFS 2010 SQLServer to SQL 2008 R2
これで、Windows Server 2008 R2にTFSを構築するのに警告メッセージを見なくて済みます(^_^;)