Visual StudioとEclipseを両方使う環境（例：JNIを使用するアプリを作成する）で、どうワークスペースを作ればいいかいろいろ悩んだので、メモ代わりに書いてみます。
まずはワークスペースの前提知識の整理です。
○ワークスペースについて
Team Foundation Serverを使用した開発で意識しないといけないものに「ワークスペース」があります。ワークスペースは、TFS上で管理されているソースコードをローカル環境のどのフォルダで変更するかのマッピングを管理するためのものです。
まっさらな環境で、１つのチームプロジェクトだけを対象に開発をするのであれば意識しなくてもよいのですが、複数のチームプロジェクトを対象にする場合、
プロジェクトＡの開発作業を行っている
↓
プロジェクトＢの緊急変更対応が入る
↓
プロジェクトＢの変更が完了したので、チェックインする
↓
プロジェクトＡの開発内容までチェックインされてしまう( ﾟДﾟ)
といったことが発生してしまいます。
チェックイン時にプロジェクトＢの変更内容を対象外にすれば大丈夫なのですが、急いでいる場合はうっかりチェックインしてしまう可能性があります。
これを避けるには、ワークスペースをチームプロジェクト毎に作成し、ソースコードの変更管理がチームプロジェクト単位で分離できるようにします。
（分岐を使用する際にワークスペースを分岐ごとに作成するのもこのためです）
※チームプロジェクトコレクション配下をすべて１つのワークスペースに割り当てることもできますが、通常はチームプロジェクト単位、もしくは分岐するフォルダ単位で割り当てます。
○ワークスペースの種類
Team Foundation Server 2010／Visual Studio 2010以降は、
・サーバーワークスペース
・ローカルワークスペース
の２種類のワークスペースが作成可能です。
※Visual Studio 2010以前の環境で使用できるのはサーバーワークスペースだけです。
MSDNの「ローカル ワークスペースとサーバー ワークスペースのどちらを使用するかを決定する」(http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/bb892960.aspx)に詳細はありますが、大雑把には
・デフォルトはローカルワークスペース
・ワークスペース内に大量のファイルがある／Visual Studio 2010より前のバージョンを使用するときはサーバーワークスペース
・オフラインで作業することがある場合はローカルワークスペース
ということです。
○ワークスペースのアクセス許可
ワークスペースに対するアクセス許可として
・プライベートワークスペース
・パブリックワークスペース
・パブリックワークスペース（許可）
があります。
デフォルトはプライベートワークスペースですが、１台の端末で複数の開発者（OSログインユーザ）が同じワークスペースを使用する場合はパブリックワークスペースを使用します。
詳細はMSDNの「ワークスペースの作成と操作」(http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms181383.aspx)にあります。
次は本題の「ワークスペースをどう作ればいいか」についてです。