世の中一般的にあるかどうはわかりませんが、自分の部署では、Javaと.NET(正確にはNative C++ですけど）を併用することがあります。
プロジェクト管理上、Javaと.NETを別々に管理しなくない（あとでまとめる作業が発生してしまう）ので、１つのTFSプロジェクトに両方とも突っ込みたいと考えます。
今のところの結論は、
「ゲートチェックインを使わないのであればすんなり共存可能」
です。
なんでか？というと、
まず、.NETとJavaのプロジェクトは別々に登録可能です。
ビルド定義も別々に作成可能です。
但し、「ゲートチェックイン」は複数定義が存在する状態で、
・.NETからのチェックインした場合は、確認画面から実行対象とするビルド定義を指定する
・Eclipseからは、確認画面なしで１つだけビルド定義が実行される
という動作になります。
Eclipseから実行されるビルド定義がJava用であればまだＯＫなのですが、.NET側のビルド定義が実行される可能性があるのなら使えない機能に。
と書きながら、Javaのプロジェクトが２つ以上あるときにはどう頑張っても無理？